Mirzə Fətəli Axundovun atası Mirzə Məhəmmədtağı və anası Nanə xanım 1814-cü ildəTəbriz yaxınlığındakı Xamnə qəsəbəsinə köçmüşlər. O, 13 yaşınadək ailəsi ilə birlikdə İran Azərbaycanının müxtəlif bölgələrində yaşamışdır.1825-ci ildə anası ilə Şəkiyə qayıtmışdır. Fətəlinin ruhani olmasını istəyən Axund Hacı Ələsgər (anasının əmisi) 1832-ci ildə onu Gəncəyə aparır. Gənc Fətəli burada məntiq və fiqh elmlərini, habelə dahi Azərbaycan şair və filosofu Mirzə Şəfi Vazehdən xəttatlıq sənətini öyrənmişdir. Lakin Mirzə Şəfinin gənc Fətəliyə təsiri bununla bitmir. Bu göruş Mirzə Fətəlinin həyat və yaradıcılığına, ümumiyyətlə onun bir mütəfəkkir kimi formalaşmasına ciddi təsir göstərir.
Dövrünün müasir elmlərilə maraqlanan Fətəli 1833-cü ildə Şəkidə açılmış rus məktəbinə daxil olur və bir il burada təhsil alır. 1834-cü ildə o, Tbilisiyə getmiş, Qafqaz canişininin baş dəftərxanasında mülki işlər sahəsində Şərq dilləri mütərcimi təyin olunmuş və ömrünün sonuna qədər bu vəzifədə çalışmışdır. 1873-cü ildə ona hərbi rütbə-polkovnik rütbəsi verilmişdir.
1851-ci ildə Rus Coğrafiya Cəmiyyəti Qafqaz şöbəsinə üzv seçilən Axundov sonralar Qafqaz Arxeoqrafiya Komissiyasında tədqiqat işlərinə cəlb olunur. O, "Əkinçi" qəzetinin nəşrinə böyük əhəmiyyət vermiş, onun səhifələrində "Vəkili Milləti-Naməlum" imzası ilə məqalələr dərc etdirmişdir.
Axundov bədii yaradıcılığına şeirlə başlamışdır ("Səbuhi" təxəllüsü ilə). O, Azərbaycan ədəbiyyatında azad düşüncə tərzinin ən böyük nümayəndəsidir. Mirzə Fətəli İslam dünyasının ictimai, sosial və siyasi sahələrində radikal islahatların lüzumluğu fikrini müdafiə edirdi.
M.F. Axundovun yaradıcılığı Avropa ədəbiyyatşünaslarının və teatrşünaslarının diqqətini çox tez cəlb etdi. 1852-ci ilin avqustunda Alman jurnalı Magazin für die Literatur des Auslandes (Xarici ədəbiyyat jurnalı) yazırdı: "Fikirləşmək olardı ki, Transqafqazın müsəlman əhalisi İslam ruhuna uyğun olaraq belə yeniliklərə (teatra) hələ uzun zaman yad qalacaqlar, lakin onların arasında qəflətən dramatik dahi meydana çıxdı, Tatar Molyeri, hansının ki adı onun ölkəsinin sərhədlərindən kənarda da diqqətə layiqdir. O Mirzə Fətəli Axundovdur".
Mirzə Fətəli Axundovun qızı Nisə xanım Xanbaba xanın həyat yoldaşı olmuşdur.
Cəfər Cabbarlı adına "Azərbaycanfilm" Dövlət Kinostudiyasında Mirzə Fətəli Axundov haqqında bioqrafik bədii film çəkilir. "Sübhün səfiri" adlanan filmin mütəfəkkirin 200 illik yubileyi ərəfəsində ekranlara çıxacağı gözlənilir